Varian yang lebih baru COVID-19 mendominasi infeksi global

Penelitian baru menunjukkan bahwa perubahan spesifik pada genom virus coronavirus SARS-CoV-2,
yang sebelumnya dikaitkan dengan peningkatan penularan virus dan penyebaran COVID-19, 
lebih menular dalam kultur sel.
Penelitian hari ini di jurnal Cell menunjukkan bahwa perubahan spesifik pada genom virus 
coronavirus SARS-CoV-2, yang sebelumnya dikaitkan dengan peningkatan penularan virus dan 
penyebaran COVID-19, lebih menular dalam kultur sel. Varian yang dimaksud, D614G, membuat 
perubahan kecil tapi efektif pada protein 'Spike' virus, yang digunakan virus untuk 
masuk ke sel manusia.
Bette Korber, seorang ahli biologi teoritis di Los Alamos National Laboratory dan penulis 
utama studi ini, mencatat, "Varian D614G pertama kali menjadi perhatian kami pada awal April, 
karena kami telah mengamati pola berulang yang sangat mencolok. Di seluruh dunia, 
bahkan ketika lokal epidemi memiliki banyak kasus dari bentuk asli yang beredar, 
segera setelah varian D614G diperkenalkan ke suatu daerah, ia menjadi bentuk yang lazim. "

Informasi geografis dari sampel dari basis data urutan virus GISAID COVID-19 memungkinkan
pelacakan pola yang sangat berulang ini, perubahan dalam populasi virus dari bentuk aslinya 
ke varian D614G. Ini terjadi di setiap tingkat geografis: negara, subkawasan, kabupaten, 
dan kota.
Dua jalur independen bukti eksperimental yang mendukung hasil awal ini dimasukkan 
dalam makalah hari ini. Eksperimen tambahan ini, yang dipimpin oleh 
Profesor Erica Ollmann Saphire, Ph.D., di La Jolla Institute, dan oleh 
Profesor David Montefiori, Ph.D., di Duke University, menunjukkan bahwa perubahan D614G
meningkatkan infektivitas virus di laboratorium. Eksperimen baru ini, 
serta urutan yang lebih luas dan data klinis dan model statistik yang ditingkatkan, 
disajikan dalam makalah Cell. Masih banyak pekerjaan in vivo yang masih harus dilakukan 
untuk menentukan implikasi penuh dari perubahan tersebut.

Virus SARS-CoV-2 memiliki tingkat mutasi yang rendah secara keseluruhan 
(jauh lebih rendah daripada virus yang menyebabkan influenza dan HIV-AIDS). 
Varian D614G muncul sebagai bagian dari serangkaian empat mutasi terkait yang tampaknya 
muncul sekali dan kemudian bergerak bersama di seluruh dunia sebagai rangkaian variasi 
yang konsisten.

"Ini luar biasa bagi saya," komentar Will Fischer dari Los Alamos, seorang penulis 
dalam penelitian ini, "keduanya bahwa peningkatan infektivitas ini terdeteksi oleh 
pengamatan cermat terhadap data urutan saja, dan bahwa rekan eksperimental kami dapat 
mengkonfirmasi dengan virus hidup di waktu yang singkat. "

Untungnya, "data klinis dalam makalah ini dari Sheffield menunjukkan bahwa meskipun 
pasien dengan virus G baru membawa lebih banyak salinan virus daripada pasien yang 
terinfeksi D, tidak ada peningkatan yang sesuai dalam keparahan penyakit," kata Saphire, 
yang memimpin Coronavirus Immunotherapy Consortium (CoVIC) yang didukung oleh 
Gates Foundation.

Korber mencatat, "Temuan ini menunjukkan bahwa bentuk virus yang lebih baru mungkin 
lebih mudah ditransmisikan daripada bentuk aslinya - apakah kesimpulan itu akhirnya 
dikonfirmasi atau tidak, itu menyoroti nilai dari apa yang sudah menjadi ide bagus:
memakai topeng dan untuk menjaga jarak sosial. "

Mitra penelitian dari Los Alamos National Laboratory, Duke University, dan University 
of Sheffield pada awalnya menerbitkan karya analisis ini pada situs bioRxiv dalam 
pracetak April 2020. Pekerjaan itu juga termasuk pengamatan pasien COVID-19 dari 
Sheffield yang menyarankan hubungan varian D614G dengan viral load yang lebih tinggi 
di saluran pernapasan atas.

"Adalah mungkin untuk melacak evolusi SARS-CoV-2 secara global karena para peneliti 
di seluruh dunia dengan cepat membuat data urutan viral mereka tersedia melalui basis 
data urutan virus GISAID," kata Korber. Saat ini puluhan ribu rangkaian tersedia 
melalui proyek ini, dan ini memungkinkan Korber dan tim peneliti untuk mengidentifikasi 
kemunculan varian D614G.

GISAID didirikan untuk mendorong kolaborasi di antara para peneliti influenza, 
tetapi pada awal epidemi, konsorsium tersebut mendirikan database SARS-CoV-2, 
yang segera menjadi standar de facto untuk berbagi urutan wabah di antara para 
peneliti di seluruh dunia.